Stor Skjaller er en opret, firkantet og forgrenet plante med korte, brune hår, der giver den en ru overflade. Bladene sidder modsat på stænglen og er lancetformede med grove tænder. Oversiden af bladene er mørkegrøn, mens undersiden er mere lysegrøn.
Blomsterne er gule, 5-tallige og tosidet symmetriske med et oppustet bæger og violette tænder i kronrøret. De sidder samlet i toppen af stænglerne, omgivet af lancetformede støtteblade, der ligner små blade.