Læge-Jernurt er en slank og opret plante med en stiv, firkantet stængel. Bladene sidder modsatte på stænglen, er ru at røre ved og har en fliget form med en mørkegrøn overside og en lyst grågrøn underside.
Blomstringen består af små, endestillede blomster samlet i smalle aks på de øverste skud. Hver blomst har fem kronblade i en bleglilla farve, hvilket giver et diskret, men charmerende udtryk.