Mørk Kongelys er en flerårig urt med en grundstillet bladroset af mørkegrønne, glatte blade, der næsten skinner i solen. Bladene er ægformede nederst og mere elliptiske op ad den firkantede, næsten hårløse stængel, der svagt rødfarves. Undersiden af bladene er lyst grågrøn og let håret, og de sidder spredtstillet langs stænglen med en bugtet-tandet rand.
Blomsten er en lille, gul skønhed med fem kronblade, der sidder samlet i en endestillet stand på den enlige stængel. De violette støvdragere giver blomsten et særligt præg og er tydelige i blomstringstiden.