Pyrenæisk Storkenæb er en flerårig plante med en opret, busket vækstform og en højde på op til 60 cm. Stænglerne er slanke og let hårede, mens bladene er bredt håndformede med en groft takket rand og en mørkegrøn farve. Bladene sidder modsatte på stænglen og er forsynet med lange stilke, der giver planten en luftig og åben fremtoning.
Blomsterne er rødviolette, sjældent hvidlige, og sidder i små, løse kvaste langs stænglerne. Hver blomst har fem kronblade, der er let indskårne i spidsen, og de fremstår med en blød, blomsteragtig form. Blomstringen strækker sig over flere måneder og giver planten et let og luftigt udtryk i haven.