Stinkende Storkenæb er en rank og spinkel plante med en rødligt anløben stængel, der bærer parvis siddende blade. Bladene er fint delte i flere små afsnit og har en grøn farve, der kan trække lidt i rødt, især når planten er ung eller står i skygge. Den bliver mellem 15 og 40 centimeter høj og kan fremstå mere kompakt og frodig, hvis den vokser i næringsrig og fugtig jord.
Blomsterne er små og lyserøde med fem let adskilte kronblade, der omgiver et lille, grønt bæger. De sidder spredt ud langs stænglen og lyser op i skyggefulde omgivelser, hvor planten ofte trives bedst. Blomstringen strækker sig fra maj til september, og de fine blomster giver et blødt og indbydende udtryk i haven.