Vand-Mynte er en flerårig urt med modsatstillede, stilkede blade, der er ægformede til elliptiske med savtakket rand. Både bladene og de firkantede, hårede stængler har en grågrøn farve, og planten breder sig via krybende jordstængler og trævlede rødder, hvorfra nye planter kan dannes.
Blomsterne er små, uregelmæssige og samlet i tætte, hovedformede stande ved bladhjørnerne og i skudspidserne. Hver blomst har fire kronblade, og farven er lysviolet. Planten blomstrer i løbet af sommeren.